Die richtige Lagerung der verschiedenen Destillaten ist entscheidend für den Geschmack des ausgereiften Produkts. Je nach Sorte lagert der Brand in großen Glasballons oder in Holzfässern, welche speziell dafür ausgesucht werden. In Kooperation mit dem Fassbinder werden die einzelnen Fässer extra für den Stadtbrenner angefertigt. So lagert zum Beispiel der Zwetschgenbrand im Zwetschgenholzfass. Der Brand wird laufend verkostet und an seinem geschmacklichen Höhepunkt aufgezogen und abgefüllt.